Während es im Kirchengebiet mit den Großstädten Surabaya und Malang urbane Zentren gibt, ist die Mehrheit der Region sehr ländlich. Fast überall wird Landwirtschaft betrieben, viele Menschen arbeiten als Fischer. Der größte Teil der ca. 140.000 Kirchenmitglieder lebt im ländlichen Raum. Mit mehr als 95% der Einwohner Javas ist der Islam die größte Religion, die GKJW darin nur eine sehr kleine Minderheit. Neben Indonesisch finden die meisten Gottesdienste in javanischer Sprache statt. Die GKJW geht zurück auf missionarische Tätigkeiten in Java. Einer ihrer „Gründungsväter“ war Johannes Emde aus dem Dorf Schmillinghausen (heute ein Ortsteil von Bad Arolsen), der 1801 in Surabaya einreiste. Als Laientheologe begründete er eine Hauskreisarbeit, die später durch eine holländische Missionsgesellschaft übernommen wurde. 1931 wurde dann die Ost-Java-Kirche gegründet. Der Sitz der Kirchenverwaltung ist in Malang.
In der GKJW sind etwa 150 ordinierte Pfarrpersonen tätig, der überwiegende Teil der Arbeit, inklusive des Verwaltungs-, diakonischen und sozialen Bereichs, wird jedoch von Ehrenamtlichen getragen, sie halten auch Gottesdienste und religiösen Unterricht. Schwerpunkte der Arbeit sind neben Gottesdiensten und gemeindlichem Handel ein großes Engagement in nachhaltiger Landwirtschaft und Umweltprojekten, interreligiöser Dialog und diakonische Arbeit. Die GKJW betreibt 66 Schulen sowie Krankenhäuser und Polikliniken. Außerdem gibt es eine kircheneigene Fortbildungsstätte in Malang für Haupt- und Ehrenamtliche.
Seit 1986 besteht eine Partnerschaft auf Kirchenkreisebene zwischen der GKJW und den Kirchenkreisen Eder und Twiste-Eisenberg der EKKW. Die Partnerschaft wird durch die Vereinte Evangelische Mission (VEM) unterstützt. Ein gemeinsamer Partnerausschuss beider Kirchenkreise koordiniert die Partnerschaftsarbeit. Es gibt regelmäßige gegenseitige Besuche, bei denen Themen gemeinsam bearbeitet werden wie Schutz der Schöpfung, Kirche und Gesellschaft, und andere.
